El impacto ambiental de los biocombustibles es complejo y controvertido.
Siendo un derivado de materias primas orgánicas, el uso de los biocombustibles emite una menor cantidad de emisiones de gases en comparación con los combustibles derivados del petróleo. Desde este punto de vista, el equilibrio ambiental de los biocombustibles es positivo. Sin embargo, los biocombustibles también tienen un impacto en la explotación de la tierra (como factor productivo) socava el funcionamiento de la cadena de suministro de alimentos. La actual escala de producción de biocombustibles podría provocar el crecimiento del precio de los alimentos y probocar hambre y acelerar el proceso de deforestación por el cultivo de nuevas tierras para la extracción de la energía. Desde este punto el equilibrio ambiental es negativo, por esta razón, en los últimos años, los gobiernos tienden a dar prioridad al principio de precaución, poniendo límites para la producción de biocombustibles.